1912 yılında Balkan Savaşı patlayınca, savaşta lazım olan kömürün havzadan çıkarılması ve İstanbul’a taşınması gerekliydi. Kilimli ve Kozlu demiryollarının havzada çıkarılan kömürün taşınmasına yetmemesi üzerine, bu demiryollarının birer metre genişliğinde, vagonlarının demirden yapılarak 8 ton mamul alacak büyüklükte yaptırılması işine girişildi. Bu iki hat böylece inşa ve tamir edildi. Kilimli şimendifer hattı, mevcut durumundan 3 metre kadar aşağıya düşürülerek İnağzı ocağına sahilden demiryolu ile bağlantı sağlandı. Bu hatta 2 adet lokomotif ve 6 tonluk vagonlar çalışmaya başladı. Kozlu şimendifer hattı ise 1,5 metre kadar yükseltildi.
Rusya Osmanlı'ya savaş açınca, bir Rus kruvazörü Zonguldak önlerine gelip şehri top ateşine tuttu. Dönemin Zonguldak Maden Müdürü Hüseyin Fehmi Bey, halkın bombardımandan zarar görmemesi için Zonguldak demiryolunun özelliğinden yararlanarak dağların içindeki güvenli bölgelere, "turuka" denilen maden direği vagonlarına insanları yükleyip madenlerin içine sevk etti. Bu usul savaş boyunca uygulandı ve kimsenin kılına zarar gelmedi.
Ayrıca limandaki kömür taşıyan vagonları da emniyet altına aldı. Bu işi büyük cesaretle bombardıman sürerken lokomotife binerek bizzat kendisi organize etti ve vagonlar çekilerek istasyona getirildi. Aynı durum, kömür taşıyan mavnalar için de geçerliydi. Biri dışında hiçbiri zarar görmedi. Bütün bunlar olurken, Zonguldak Kaymakamı bir Rus çıkartmasından korkarak polis komiseri ve jandarma komutanı ile beraber 6 saatlik mesafedeki Çaycuma’ya gitmişti. Bu şahıslar daha sonra divan-ı harbe verildiler. 21 Kasım 1914 tarihinde, Hüseyin Fehmi İmer, Cemal Paşa tarafından Dördüncü rütbeden Nişan-i Osmanî ile ödüllendirildi.